La République de Djibouti couvre une superficie de 23.200 km_ et possède 520 km de frontières terrestres partagées avec l'Erythrée, l'Ethiopie et la Somalie ainsi que 372 km de côtes le long du détroit de Bab El Mandeb, du Golfe de Tadjourah et du Golfe d'Aden entre les 11º00' et 12º41' parallèles de latitude Nord et le 41º45' et 43º15' de longitude Est.

Située dans la Corne de l'Afrique, à la jonction de la Mer Rouge et de l'Océan Indien, la République de Djibouti bénéficie d'une position géographique stratégique sur l'une des principales routes maritimes du monde. Elle constitue le débouché naturel des pays enclavés de la région.

Le territoire s'organise autour de l'échancrure du golfe de Tadjourah, large de 45 kilomètres. Le relief est fort accidenté et l'altitude varie de 2020 mètres au mont Moussa Ali à -153 mètres dans la cuvette du lac Assal.

Les cours d'eau sont intégralement constitués d'oueds drainés vers la mer ou vers les plaines de l'ouest. Les seuls milieux aquatiques permanents sont les lacs Abbé et Assal, ce dernier étant une véritable saumure avec 370g de sel par litre d'eau. Le milieu insulaire est représenté par les îles madréporiques de Moucha et Maskali au large de Djibouti-ville et l'archipel volcanique des Sept-Frères dans le détroit de Bab-El-Mandeb.

Le climat est de type tropical aride avec deux saisons bien distinctes. D'octobre à avril, c'est la saison fraîche avec des vents d'est humides et des températures comparables à celles d'un été méditerranéen. De Juin à Août, c'est la saison chaude avec des températures élevés et des vents d'ouest secs et brûlants. Les mois de mai et septembre sont des mois de transition pendant lesquels s'opèrent les renversements des vents qui provoquent des calmes plats augmentant ainsi l'humidité.

Le régime des pluies est très irrégulier et les hauteurs annuelles de précipitations varient énormément d'une année à l'autre.